深夜勤務が法定休日に及んだ場合

時間外勤務をしていて、深夜勤務となり、そのまま午後12時を超えて、翌日の休日(法定休日)に及んだときは、休日勤務になるのでしょうか?

はい。休日勤務になりますので、1.35倍の休日勤務手当を支払わないといけません。

労働基準法上、1日の単位は午前0時から午後12時までと考えられています。休日もこの単位で与えないといけません。したがって、午前0時から午後12時までの間の一部でも勤務をさせると、その日は休日を与えたことにはなりません。

そして、休日に関しては、少なくとも1週間に1回は与えることが義務付けられていて、週1回の最低限の休日のことを法定休日と言います。

この法定休日に勤務させたとき(最低限の休日を与えられなかったとき)は、その日の勤務に対して、1.35倍の休日勤務手当を支払わないといけません。

ご質問に戻って、時間外勤務が長引いて翌日の法定休日にまで及んだ場合は、翌日(法定休日)の勤務は休日勤務となります。整理をすると、割増賃金は次のようになります。

当日の午後10時から午後12時まで/1時間につき
=時間外勤務手当(1.25倍)+深夜勤務手当(0.25倍)
=1.5倍の割増賃金

翌日(法定休日)の午前0時から午前5時まで/1時間につき
=休日勤務手当(1.35倍)+深夜勤務手当(0.25倍)
=1.6倍の割増賃金

休日勤務は時間外勤務の一部と考えられていますので、休日勤務手当と時間外勤務手当を重複して支払う必要はありません。